Per utilizzare un nuovo disco fisso (oppure per cancellare completamente l'intera tabella delle partizioni del proprio disco) è necessario creare una nuova tabella delle partizioni. Con il «Partizionamento guidato» la tabella delle partizioni viene creata automaticamente, invece con il partizionamento manuale per creare una nuova tabella delle partizioni occorre selezionare la voce che corrisponde al disco con il livello più alto e premere Invio. Sui sistemi UEFI il tipo di tabella predefinito è «gpt», sui sistemi più vecchi con BIOS il tipo predefinito è «msdos». I valori predefiniti sono utilizzati automaticamente quando l'installazione procede con la priorità standard.

Se si usa già un altro sistema operativo come DOS o Windows e si intende preservarlo mentre si installa Debian, potrebbe essere necessario ridimensionare la sua partizione per liberare spazio per l'installazione di Debian. L'installatore supporta il ridimensionamento dei file system FAT e NTFS: arrivati alla fase di partizionamento, occorre selezionare l'opzione Manuale e poi scegliere la partizione esistente da ridimensionare.

Sebbene i moderni sistemi UEFI non abbiano le limitazioni elencate in seguito, i vecchi PC con BIOS hanno alcuni vincoli riguardanti il partizionamento del disco. C'è un limite al numero di partizioni «primarie» e «logiche» che possono essere contenute in un disco. Inoltre, i BIOS anteriori al periodo 1994–98 contengono limitazioni sulla posizione del disco che può essere avviata dal BIOS. È possibile trovare maggiori informazioni nel Linux Partition HOWTO anche se questo capitolo contiene una breve panoramica utile nella maggior parte delle situazioni.

Le partizioni «primarie» sono il tipo di partizione tradizionale per i dischi dei PC. Tuttavia, possono esisterne al massimo quattro per ogni disco; per superare questa limitazione, sono state introdotte le partizioni «estese» e «logiche». Impostando una partizione primaria come partizione estesa, è possibile suddividere ulteriormente lo spazio allocato a questa partizione in più partizioni logiche. È possibile creare fino a 60 partizioni logiche per ogni partizione estesa, ma è possibile avere solo una partizione estesa per ogni disco.

Linux limita il numero delle partizioni per disco a 255 partizioni sui dischi SCSI (3 partizioni primarie e 252 partizioni logiche), e a 63 partizioni sui dischi IDE (3 partizioni primarie, 60 partizioni logiche). Tuttavia, il sistema Debian GNU/Linux standard fornisce solo 20 file di device per rappresentare le partizioni, quindi se si intende creare più di 20 partizioni occorrerà prima creare manualmente i device per le nuove partizioni.

Se si possiede un disco IDE grande e non si sta usando né l'indirizzamento LBA, né i driver talvolta forniti dai produttori di hard disk, allora la partizione di avvio (quella che contiene l'immagine del kernel) deve trovarsi all'interno dei primi 1024 cilindri del disco (di solito circa 524 MB, senza traduzione da parte del BIOS).

Questa restrizione non è rilevante se si possiede un BIOS più recente del periodo 1995–98 (a seconda del produttore) che supporta la «Enhanced Disk Drive Support Specification». Il programma alternativo a Lilo di Debian mbr deve affidarsi al BIOS per leggere il kernel dal disco e caricarlo nella RAM. Se il BIOS supporta le estensioni int 0x13 per l'accesso ai dischi grandi, queste verranno utilizzate; altrimenti occorrerà utilizzare la vecchia interfaccia di accesso al disco, che non può accedere porzioni del disco che si trovano oltre il 1023-esimo cilindro. Una volta avviato Linux, qualsiasi sia il BIOS del computer, queste restrizioni non sono più vincolanti, visto che Linux non usa il BIOS per accedere al disco.

Se si ha un disco grande, è possibile che si debbano usare tecniche di traduzione del numero di cilindri da attivare nel proprio BIOS, come ad esempio l'LBA (Logical Block Addressing) o la modalità CHS («Large»). È possibile trovare maggiori informazioni su questo problema nel Large Disk HOWTO. Se si usa uno schema di traduzione del numero di cilindri e il BIOS non supporta le estensioni per l'accesso ai dischi grandi, allora la partizione di avvio deve essere compresa all'interno del 1024-esimo cilindro nella sua rappresentazione tradotta.

Il modo consigliato di risolvere questo problema consiste nel creare una piccola partizione (25–50MB dovrebbero essere sufficienti) all'inizio del disco, da usare come partizione di avvio, e di creare tutte le altre partizioni nello spazio rimanente. Questa partizione di avvio deve essere montata su /boot, la directory destinata a contenere i kernel Linux. Questo tipo di configurazione funzionerà su tutti i sistemi, sia che venga usato l'LBA o la traduzione CHS, e a prescindere dal fatto che il proprio BIOS supporti le estensioni per l'accesso ai dischi grandi.