Σαν ελάχιστη απαίτηση το Linux χρειάζεται μια κατάτμηση για τον εαυτό του. Μπορείτε να έχετε μια και μόνη κατάτμηση που να περιέχει ολόκληρο το λειτουργικό σύστημα, τις εφαρμογές και τα προσωπικά σας αρχεία. Οι περισσότεροι χρήστες αισθάνονται ότι είναι αναγκαίο να έχουν και μια ξεχωριστή κατάτμηση swap αν και κάτι τέτοιο δεν είναι απόλυτα αληθές. «Swap» είναι ένας άδειος χώρος για το λειτουργικό σύστημα που του δίνει την δυνατότητα να χρησιμοποιήσει μέρος του δίσκου σαν «εικονική μνήμη». Με τη δημιουργία μιας ξεχωριστής κατάτμησης swap το Linux μπορεί να κάνει πολύ πιο αποτελεσματική χρήση της. Είναι ακόμα δυνατόν να αναγκάσετε το Linux να χρησιμοποιήσει σαν swap ακόμα και ένα συνηθισμένο αρχείο αλλά κάτι τέτοιο δεν συνιστάται.

Οι περισσότεροι χρήστες όμως προτιμούν να δίνουν στο GNU/Linux μεγαλύτερο αριθμό κατατμήσεων από τον ελάχιστο δυνατό. Υπάρχουν δυο λόγοι για τους οποίους θα θέλατε να χωρίσετε ένα σύστημα αρχείων σε έναν αριθμό μικρότερων τμημάτων. Ο πρώτος είναι για ασφάλεια. Αν κάτι συμβεί και προκαλέσει την αλλοίωση του συστήματος αρχείων γενικά μόνο μια κατάτμηση θα επηρρεαστεί. Έτσι θα χρειαστεί να αποκαταστήσετε (από τα αντίγραφα ασφαλείας που που κρατάτε προσεκτικά, έτσι;) μόνο ένα κομμάτι του συστήματός σας. Στην ελάχιστη περίπτωση θα πρέπει να δημιουργήσετε αυτό που συνήθως ονομάζεται «ριζική κατάτμηση». Αυτή περιέχει τα πιο ουσιώδη μέρη του συστήματος.Αν οποιεσδήποτε άλλες κατατμήσεις αλλοιωθούν θα μπορείτε ακόμα να εκκινήσετε το σύστημά σας GNU/Linux ώστε να διορθώσετε την όποια ζημιά. Αυτό μπορεί να σας γλιτώσει από τον κόπο του να ξαναγκαταστήσετε το σύστημα από το μηδέν.

Ο δεύτερος λόγος έχει μεγαλύτερη αξία συνήθως σε ένα εταιρικό περιβάλλον αλλά στην ουσία εξαρτάται από την χρήση που κάνετε του μηχανήματος.Για παράδειγμα, ένας mail server που δέχεται επίθεση spam από e-mail μπορεί έυκολα να γεμίσει μια ολόκληρη κατάτμηση. Αν έχετε κάνει τον κατάλογο /var/mail μια ξεχωριστή κατάτμηση στον server αυτό, το σύστημα στο μεγαλύτερο μέρος του θα εξακολουθεί να δουλεύει ακόμα και μετά από μια τέτοια επίθεση.

Το μόνο πραγματικά μειονέκτημα στη δημιουργία περισσότερων κατατμήσεων είναι ότι είναι συχνά δύσκολο να ξέρετε από πριν ποιες θα είναι οι ανάγκες σας. Αν κάνετε μια κατάτμηση μικρότερη τότε θα πρέπει έιτε να επανεγκαταστήσετε το σύστημα ή διαφορετικά να μετακινείτε διαρκώς αρχεία από δω κι εκεί για να δημιουργείτε ελεύθερο χώρο στην υπομεγέθη αυτή κατάτμηση. Αν από την άλλη έχετε δώσει πολύ μεγαλύτερο μέγεθος σε μια κατάτμηση θα έχετε πιθανόν σπαταλήσει χώρο που θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί αλλού. Ο χώρος στους σκληρούς δίσκους είναι σίγουρα αρκετά φθηνός σήμερα αλλά γιατί να πετάτε έτσι τα χρήματά σας;!